هر کدام از نبردهای بازی در یک نقشه‌ی منحصر به فرد شکل می‌گیرد. در هر کدام از نقشه‌های بازی یک مسیر وجود دارد که گذرگاه عبور بادکنک‌ها را نشان می‌دهد. بازیکن وظیفه دارد تا به کمک برج‌های دفاعی‌ای که به مرور و با پیشرفت در بازی Bloons TD 6 یک به یک آزاد می‌کند، از پیشروی بادکنک‌ها در این مسیر جلوگیری کند. با ترکاندن هر یک از این بادکنک‌ها یک سکه دریافت خواهید کرد. از این سکه‌ها می‌توانید برای خریداری و نصب برج‌های دفاعی در هر نبرد استفاده کنید. برج‌های دفاعی بازی در واقع میمون‌های اسلحه به دستی هستند که هر کدام ویژگی‌های مخصوص به خود را دارند؛ به طور مثال اولین و ارزان‌ترین میمونی که در اختیار بازیکن قرار می‌گیرد، یک میمون دارت‌باز است که محدوده‌ی شلیک‌هایش کوچک است اما در عوض از سرعت تیراندازی قابل قبولی برخوردار است در حالی که میمون دیگری نیز در بازی وجود دارد که از یک بومرنگ به عنوان سلاح استفاده کند که محدوه‌ی بزرگتری از میدان نبرد را برای هدف گیری، پوشش می‌دهد.

سایر میمون‌ها و ساختمان‌های بازی نیز هر یک ویژگی و قابلیت مخصوص به خود را دارا هستند. میمون‌های بازی در سه کلاس Primary، Military و Magic طبقه‌بندی شده‌اند. میمون‌های دسته‌ی Magic نسبت به دو دسته‌ی دیگر گران‌تر هستند اما در عوض توانایی تخریب بیشتری دارند. میمون‌های دسته‌ی Primary قدرت تخریب کمی دارند اما ارزان هستند و در مراحل ابتدایی بازی آزاد می‌شوند. میمون‌های دسته‌ی Military نیز از نظر قدرت تخریب به نوعی مابین دو دسته‌ی قبلی قرار می‌گیرند. هر کدام از این میمون‌ها یا ساختمان‌های دفاعی را نیز می‌توانید در طول نبرد ارتقا دهید تا قدرت تخریب‌شان افزایش یابد. علاوه بر میمون‌ها و ساختمان‌های دفاعی معمولی بازی، در هر مرحله بازیکن اجازه دارد تا از یک قهرمان یا Hero نیز استفاده کند. قهرمان‌ها در مقایسه با میمون‌های معمولی، قدرت تخریب بسیار بیشتری دارند. بازی Bloons TD 6 دارای چهار قهرمان است که همه‌ی آن‌ها به تدریج و با افزایش سطح بازیکن، آزاد خواهند شد.